整个贡院分为内院和外院，外院就是众多举子的参考之地，内院则是钦命官员阅卷之地。两者之间横有一条宽约数丈的清水池，池水将贡院拦腰分作两段。池上架有一座石桥名为飞虹桥。
贡院立有严格规定，考试期间任何人员不得逾越飞虹桥半步，即使是熟人隔桥打个招呼也不允许。举子们考卷经过监考官员的誉录，对读、初选、分卷、弥封之后送过飞虹桥，才能交到阅卷官员的手里，最大限度地杜绝监考与阅卷官员相互勾结营私舞弊。